Die Evangelische Hochschule (EH) Freiburg wird seit dem 1. Juli 2013 durch ein kollegiales Rektorat geleitet.
Dem Rektorat gehören an (Stand Januar 2015): Rektorin Prof. Dr. Renate Kirchhoff, Prorektor Prof. Dr. Björn Kraus und Kanzler Dr. Ulrich Rolf
Das Rektorat und der Senat sind die Organe der Hochschule gem. § 12 RVO Verfassung EH Freiburg vom 24. Juli 2013.