Die Evangelische Hochschule (EH) Freiburg wird durch ein kollegiales Rektorat geleitet.
Dem Rektorat gehören an: Rektorin Prof. Dr. Renate Kirchhoff, Prorektor Prof. Dr. Björn Kraus und Kanzler Dr. Ulrich Rolf
Das Rektorat und der Senat sind die Organe der Hochschule gem. § 12 RVO Verfassung EH Freiburg vom 24. Juli 2013.