Der Evangelische Oberkirchenrat der Evangelischen Landeskirche in Baden hat die Aufsicht über die Evangelische Hochschule Freiburg an ein Kuratorium übertragen. In dessen Aufgabenfeld gehören u.a. die Entwicklung und Planung neuer Studiengänge sowie die Fachaufsicht über die Hochschule im Rahmen des Landeshochschulgesetzes.

Die Organe der Evangelischen Hochschule Freiburg sind gem. Kirchliches Gesetz über die Evangelische Hochschule der Evangelischen Landeskirche in Baden (EH-G) vom 24. April 2010 (§ 9) der Große Senat, der Senat, die Rektorin bzw. der Rektor.